DU Bioinformatique intégrative (DUBii)

  • Composante:
    • UFR SCIENCES DU VIVANT
  • Type de diplôme: Diplôme d'université
  • Domaine: Sciences, Technologies, Santé
  • Niveau d'étude visé: BAC +5
  • Durée 1 an

Présentation et compétences visées

Présentation

La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l’analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d’interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L’appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s’adresse en priorité à des biologistes en demande d’évolution ou de
reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d’immersion sur une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d’un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”). Il bénéficiera d’un double encadrement assuré par un enseignant de la formation et par un tuteur bioinformaticien de la plateforme d’accueil de l’IFB.

Compétences visées

  • Maîtriser l’environnement informatique en ligne de commandes (Unix) 
  • Gérer la parallélisation des tâches ; développer des scripts en Python et en R.
  • Concevoir et mettre en oeuvre des workflows d’analyse combinant des données de natures diverses afin d’extraire les informations pertinentes et d’en dériver une interprétation intégrative.
  • Connaître et utiliser les ressources matérielles et logicielles déployées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

 

Responsable(s)

Cosson Bertrand


Tél : 0157278966

Email : bertrand.cosson @ univ-paris-diderot.fr

Admission

Pré-requis nécessaires

Niveau Licence de biologie minimum (ou équivalent via l’expérience professionnelle), avec des jeux de données identifiés à analyser et à interpréter dans un contexte de bioinformatique intégrative. La sélection des candidats se fera sur dossier, avec éventuellement un entretien oral.

Etablissement

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