Formation qualifiante - Bioinformatique structurale 2 : modèles 3D à bas taux d'identité

Compétences visées

De nombreuses séquences s’avèrent extrêmement délicates à prédire d’un point de vue structural en raison de l’absence d’homologues structuraux détectables. La compétence visée sera d’être capable de construire un modèle structural pertinent d’une protéine dans un tel cas. Il s’agira donc d’appréhender les concepts des méthodes de modélisation à bas taux d’identité et de maîtriser les outils utilisables sur le WEB ou localement.

Outre les connaissances théoriques, l’accent sera mis  sur des cas pratiques de difficultés croissantes.

Seront ainsi abordées les approches de reconnaissance de repliement et de prédiction de novo. Un point crucial résidera dans l’évaluation des modèles et en particulier via l’utilisation des descripteurs caractéristiques des structures protéiques. 

Pré-requis nécessaires

Connaissance de base en comparaison de séquences et structures 3D des protéines. La connaissance de l’environnement Unix/Linux est recommandée.